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天暦元年(947年)創紀の神社。この地に所在した法満教寺(廃寺)の四至封彊五ヶ所の鎮守神として、祭祀されている。承徳2年(1098年)、隣在の宮川村(現東近江市宮川町)とともに、京都祇園感神院の所領地となり、牛頭天王の御分霊を同時に分祀されたことにより、杉之木神社を「山上天王社」、宮川の八坂神社を「牛頭天王社」と称し、この両者を「安吉郷河西の二天王」と呼ぶようになった。
JR琵琶湖線「近江八幡駅」から近江鉄道バス約26分「山之上」~徒歩10分、または名神高速道路「竜王IC」から車約10分