琵琶湖のほとり、長等山の地主神であった伊弉諾尊（いざなみのみこと）を御祭神とし、この神がつけていた赤、白、黒の腰帯の形が三つの尾を引くのに似ていたことから社名が付けられた。三つの腰帯は、赤尾神、白尾神、黒尾神となり、本神とされた赤尾神が卯の年、卯の月、卯の日、卯の方角から出現したので「真向きの兎」を神紋とする。園城寺（三井寺）の開祖により復興された社殿は、室町時代に足利将軍により再興され、慶長年間に豊臣秀吉が修理をするなど手厚い保護を受けた。明治9年（1876年）に現在地へ移され、本殿は、平成21年（2009年）に滋賀県有形文化財、平成26年（2014年）に国の重要文化財に指定された。子の健やかな成長を願い朝瓜を供える「朝瓜祭」は、夏の風物詩。
境内自由
京阪「三井寺駅」から徒歩5分
