御影堂にて除夜法要に引き続き、新年を迎えた百萬遍知恩寺で、修正会が営まれます。元弘元年（1331年）、後醍醐天皇の勅命により、空円上人が百萬遍の念仏を唱えたところ、都に広がった悪病が治まったことから、寺は「百萬遍」の名で親しまれています。